一、相关规定

《劳动合同法》第二十三条规定：用人单位与劳动者可以在劳动合同中约定保守用人单位的商业秘密和与知识产权相关的保密事项。对负有保密义务的劳动者，用人单位可以在劳动合同或者保密协议中与劳动者约定竞业限制条款，并约定在解除或者终止劳动合同后，在竞业限制期限内按月给予劳动者经济补偿。劳动者违反竞业限制约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。 

第二十五条规定：除本法第二十二条和第二十三条规定的情形外，用人单位不得与劳动者约定由劳动者承担违约金。

因此，保密条款或者保密协议不得单独违约情形约定违约金，不过可以通过竞业限制的方法约定违约金，或者仅仅就违反保密义务约定损害赔偿的计算方法和依据。

原劳动部《关于企业职工流动若干问题的通知》(劳部发[1996]355号)和原国家科委《关于加强科技人员流动中技术秘密管理的若干意见》以及《上海市劳动合同条例》均有过关于“脱密期”的规定，即约定“在劳动合同终止前或该职工提出解除劳动合同后一定时间内(不超过六个月)，调整其工作岗位，变更劳动合同中相关内容”，不过劳动合同法实施以后，相关条款已经失效。

二、发生争议处理方式。

    1、依据《反不正当竞争法》第20条第2款的规定，被侵害的经营者的合法权益受到不正当竞争行为损害的，可以向人民法院提起诉讼。

    2、劳动合同存续期间侵犯劳动合同中约定的商业秘密，可以通过劳动争议仲裁委员会仲裁解决。

三、处理依据。

    1、《劳动法》第102条规定：“劳动者违反本法规定的条件解除劳动合同或者违反劳动合同中约定的保密事项，对用人单位造成经济损失的，应当依法承担赔偿责任”。

    2、是根据劳动部《违反〈劳动法〉有关劳动合同规定的赔偿办法》(劳部发[1995]223号)第6条第2款规定，在被侵害的经营者的损失难以计算时，赔偿额为侵权人在侵权期间因侵权所获得的利润；并应当承担被侵害的经营者因调查该经营者侵害其合法权益的不正当竞争行为所支付的合理费用。

当然，如果双方就商业秘密侵权损失计算方法事先有所约定，可以适当减轻举证责任。